计算超市的年度净利润通常涉及以下几个步骤：

1. 确定总收入：这包括销售收入加上其他收入来源（如广告收入、会员卡销售等），减去所有直接与销售相关的成本（如商品进价、包装材料等）。这部分被称为毛利。
2. 扣除间接成本：除了直接销售成本外，还有诸如租金、水电费、员工工资、保险费等固定或变动的成本项目。
3. 计算税前利润：将毛利减去间接成本得到税前利润。
4. 缴纳所得税：根据当地税收政策，从税前利润中扣除一定比例作为企业所得税。
5. 得出净利润：最后一步是从税前利润中减去所得税后的余额即为净利润。

例如，如果一家超市的年度销售额为500万元，商品进价总计400万元，租金及其他固定支出共计80万元，则其毛利为100万元。假设该超市还需支付20%的企业所得税，则最终净利润约为64万元。

值得注意的是，上述数据仅为示例性质，实际数值可能会因为实际情况的不同而有所变化。